打开R语言的大门

一、关于R

对于生物信息学来说，除了形形色色的软件以外，能够做到一个平台就能够处理形形色色的数据的，便只有R、Python与Linux。但这三者也有所区别，首先R与Python是计算机的基本语言、而Linux则是系统。简单来说Linux的维度会更高一些，也正是因为这个原因，R的环境配置与上手会更快（这点是鉴于笔者安装数次Ubuntu虚拟机失败后的深刻体会）。

首先，先简单介绍一下R语言，R语言是由奥克兰大学的Robert Gentleman和Ross Ihaka以S语言为基础所开发，由于二位创始人的名字都由R开头而得名。这款软件开发的初衷便是为了统计并处理数据、绘制图形，可以说R语言本是一个统计软件（个人感觉大概就相当于SPSS的内核）。而Robert Gentleman本人是一个生信学家，这也为R语言在生信方面的应用埋下了伏笔。

另外，有必要说一说笔者安利R的原因：

1、最重要也最现实的原因是R语言为一个免费、开源的软件，这一点为科研人员提供了很大的便捷，也大大促进了大家互相交流（这一点购买过license的实验室应该会深有体会）。

2、R语言是一种具有扩展功能的软件，由于其是一种语言平台，因此各路R的爱好者会基于R语言开发形形色色的扩展包（如绘图神器ggplot，用于单细胞测序分析的Seurat），扩展包的开发导致R语言可以说是一个万能的神器，大家可以通过在R中安装不同的扩展包来实现更多的功能。可以说，使用R语言，其实就是利用其中的扩展包。

3、R语言易于学习，各种命令与源代码可以在作者的Github之中查找，或在R中直接使用help命令查找扩展包的使用方法。

4、R语言强大的互动性：从上游来说，扩展包与数据都可以直接在R中通过命令很方便的下载（甚至可以用R语言直接抓取并处理网站上的数据）；下游来说，数据、图表都可以通过命令做个性化编辑。

5、当然，天下从来就没有免费的午餐，R语言也必然有一些缺点。由于R语言是一个开源、免费的软件，因此就没有那些付费软件完善的售后服务（说白了就是需要自己学习）。另外我们刚才提到过，R语言的强大功能源于其众多的扩展包，也就是说，各种扩展包的学习会让R的爱好者投入更多的精力与时间成本。

二、R的安装：打开R的官网（https://www.r-project.org/），点击下图红框中的CRAN即可选择镜子开始下载。这里有必要介绍一下，由于R语言是新西兰的工作者所开发，而其又普遍全球，因此受各个地方“网络隔离”的影响，会造成扩展包、数据的下载的网络障碍；镜子便是由各个地方的工作者维护的镜像网站。目前中国一共有分别由清华、中科大、香港的KoDDoS、兰州大学、同济大学、厦门大学维护的几个镜像网站（都在国内，选哪个都不影响速度)。下载后的安装也无需特殊的设置，与其他windows下的软件一样选择路径安装即可，需要注意的是R语言的安装路径需要避免存在中文与特殊字符。

三、RStudio：是R语言的编辑器，说白了相当于外挂，可以自动帮助使用者补齐或纠正命令，你值得拥有（https://rstudio.com/）。

最后，笔者曾经整理过一些R语言的基本操作命令，由于目前还没有开学，这部分就等开学拿到工作电脑后再更啦。